Docear - organizace akademické literatury

Jednou větou:

Docear je software kombinující myšlenkové mapy (využívá Freeplane) a organizaci literatury pro akademické účely (využívá JabRef)

Hlavní myšlenky

  • organizuj si od desítek po tísíce PDF v myšlenkových mapách dle svého gusta
  • je v zásadě konkurentem Mendeley a Zotero
  • je podporovaný německým svazem průmyslu a vyvíjený v Německu a USA (Berkley) - ale je garantovaný zdarma
  • při registraci a posílání dat do cloudu dělá zálohy (zatím jen mindmap) + vyhledává a navrhuje podobné články
  • pro nejlepší načítání PDF je třeba použít Xchage viewer (zdarma, jako s jediným free programem zvládá i načítání zvýrazněného textu, navíc má Xchange i OCR apod.)
  • [fun info: měl jsem už dva roky verzi 1.0 beta2, která vlastně moc nefungovala ... aktuální verze 1.1 beta 239 je o dost lepší, sice má furt mouchy, ale dá sa :)]

Původ textu:

  • Následující text vznikl zejména jako výpisky z http://www.docear.org/support/user-manual/ případně odkazovaných dokumentů
  • většina byla ověřena na Docear 1.1.1 beta build 239

Základní fungování

  • vytvoříme si projekt (množina myšlenkových map)
    • mezi projekty se špatně sdílí literatura (používat nový projekt leda pro úplně oddelěnou věc)
    • o projektu přemýšlet jako o něčem co potřebuju všechno sdílet, když budu s někým spolupracovat na daném tématu
  • projekt mívá v zásadě jednu hlavní mapu "literature&annotations", která kontroluje "literature repository" ve kterém hledá nová PDF a nové anotace (a zvýraznění atd.) v nich
  • s uzly jde libovolně manipulovat, je možné (i anotace) slučovat pod nové uzly či přesouvat jinam
  • pokud nějaké pdf či anotaci smažeme z mapy, tak se při novém procházení literatury znovu objeví, pokud je přesuneme do jiné mapy, tak se neobjeví
  • logické a pro jednoduché hledání a filtrování je tedy nejlepší vše v základu mít roztřízené v hlavní mind mapě "literature&annotations" a potřebné části dotřizovat či používat v jiných mind-mapách (podrobněji v Práce s PDF anotacemi)

Pohyb

  • Ctrl + kolečko myši = zoom
  • Posouvání myší jak nad mapou
  • šipky = pohyb po uzlech

Klávesové zkratky

  • TAB schovává a ukazuje všechny boční "komponenty"
  • najet na položku v menu a ukáže se zkratka (pokud je)
  • nastavit zkratku je jednoduché: s Ctrl kliknout na položku menu a vyskočí nastavení zkratky
  • nejpoužívanější klávesové zkratky

Myšlenkové mapy

  • je možné přidávat viditelné šipky, hyperlinky, interní linky na jinou část mindmapy apod.
  • další možnosti stručně: cloudy (obalení víc uzlů + zvýraznění), formátování textu uzlů, auto-číslování, poznámky, vlastní attributy uzlů, obrázky, vzorce (latex syntaxe), ikonky, sumírování uzlů, volné uzly

Práce s PDF anotacemi

  • při vybraném kořenovém uzlu a použítím "re-read monitoring folder" najde nová pdf a aktualizuje anotace (ale pouze u PDF v aktuální mind mapě (!) - podrobně viz níže)
  • aktualizace:
    • nové pdf se objeví v "Literature&Annotations"
    • nová anotace se objeví u aktuálního PDF v "Literature&Annotations"(pokud zde PDF není - např. byla využita jen anotace a aktuální PDF bylo smazáno z mind-mapy nebo bylo PDF přesunuto jinam: objeví se PDF znova i s anotací)
  • chování se dá lehce upravit pomocí "advanced monitoring options", ale žádné zázraky to nejsou (je možné nastavit kořenový uzel s např. automatickou aktualizací při otevření mind mapy apod.)
  • samozřejmě umí otvírat PDF a při kompatibilním PDF prohlížeči umí skákat na stránku s konrkétní anotací
  • může se hodit upravit ručně zvýrazněný text (např. změnit 3. os. konkrétním jménem/věcí)
  • pokud nějaká anotace zavazí a nechceme ji, je třeba ji přesunout do mindmapy "Trash" (při prostém smazání by se znovu načetla)
  • nejlepší je tedy vše organizovat v "Literature&Annotations" a případně vykopírovávat literaturu do stromu v jiné mindmapě (Ctrl+C a Ctrl+V)
  • nejsou aktualizovány jiné mindmapy (Docear pouze kontroluje, jestli v jiných mindmapách je PDF i všechny jeho anotace a pokud ano, PDF nenačte jako nové)
  • když skopíruji zdroj s anotacemi do jiné mindmapy, neaktualizuje se (aktualizuje se jen v "Literature&Annotations") - je ale možné přidat pouze zde nové anotace pomocí "Import new annotations" případně smazáním všech anotací a "Import all annotatoins"

Manažování referencí

  • vytváření referencí je poloautomatické, ale funkční - využívá hledání v google scholar (zkušenost: nefunguje na 100% jako webový google scholar)
  • vždy lze vytvořit práznou referenci a jednoduše ji vyplnit ručně (nebo vložením bibtextu
    • je možné importovat reference od spousty vydavetelů co přímo nepodporují bibtex - návod na import referencí
    • lze použít bibsonomy bibtex scraper, který ze spousty webů umí vytáhnout potřebné údaje
    • lze použít google scholar, ktery při povolení v nastavení umožňuje přímý export do bibtexu
  • reference jdou vytváře ručně, přiřazovat uzlům i novým PDF
  • každé PDF by mělo mít unikátní "filename" jinak Docear nepozná rozdíl (nedívá se na "path")

Search and filter

  • v aktuální mind mapě: Ctrl+G (spousta možností - včetně vyhledávání v atributech s parametry jako větší/menši apod., hledání dle bibliografických údajů - autor XY nebo rok Z, regular expressions apod.)
  • filtrování podobně jak hledání (skrytí nehodících se v mindmapě) - využití i AND a OR víc parametrů apod.
  • pro dobré hledání se hodí použití dvourozměrných tagů (ne jednoduchý tag, ale unikátní attribut a jeho hodnota
    • dají se tak lépe užavatelsky tagovat dokumenty, přiřazovat hodnoty atd. - přeš "edit attribute" (Alt+F9)
    • např. "typ vyhodnocení" - "offline" a později hledat/třídit podle typu vyhodnocení nebo "počet testovaných osob" - "40" a vyhledávat jen víc než 10 atd.
  • klasického tagování se dá docílit přidáním atributu tags a sepsáním tagů... (ověřeno, funguje ok)
  • hledání v referencích - v okně referencí Ctrl+F
  • hledání v plaintextu PDFek - zatím není :(, je potřeba využít funkce PDF prohlížeče (a hledat v každém PDF zvlášť)
  • při připojení online a registraci možnost "online search" v 2 milionech veřejně dostupných PDF

Vytváření draftu přímo z Docearu

  • při kopírování z literatury do např. draftu článku se hodí mít otevřené dvě instance mindmapu a přetahovat z jedné do druhé (nebo přeskakovat Ctrl+Tab mezi mind mapami)
  • export draftu článku
    • je možné exportovat, ale doporučují spíš "přepisovat" a tím ještě jednou kontrolovat
    • export literatury je snadný - přímá kopie do Latexu, pro Word je Docear4Word (Openoffice a libreoffice mají [zatím] smůlu)

Objevování nové literatury

  • při online registracei
  • když povoleno, jednou týdně (nebo když zapnuto) doporučí z okamžitě dostupných zdrojů 10 článků dle odhadnutého zájmu

Tipy pro práci:

  • používat víc monitorů (dvě instance Docearu / Docear + pdf / Docear + psaní článku...

Monitoring nodes

  • je možné vytvářet si vlastní monitoring notes, ale pokud budou nastaveny stejně jako v "Literature&annotations" tak se nové PDF objeví vždy jen v jedné z nich (té aktualizované)

Další

  • k projektům je možné importovat další složky či linky na soubory s dalším obsahem mimo monitorovanou složku
  • Docear používá uživatelskou složku pro nastavení, logování, úpravou je možné resetovat nastavení nebo změnit docear na portable
  • poměrně jednoduše metodou "remove project" (nesmaže soubory), přesunutím souborů a "import project" je možné změnit umístění projektu

Docear's Online services

  • momentálně funguje backup mind map včetně versioningu
  • synchronizace mezi pc je nutno řešit externě (např. Dropbox)
  • synchronizace mezi OS může být problém (jsou workaroundy)
  • při využívání online služeb si vytahují data pro jejich výzkum (jak "pracujeme" s literaturou, jak jsou složité mindmapy apod.), doporučování literatury apod.

Pdf prohlížeče

Kdy použít Freeplane a kdy Docear?

  • Docear, když potřebujeme pracovat s literaturou jinak Freeplane (je rychlejší = nenačítá JabRef a rychleji v něm vývojáři opravují bugy související s mindmapingem)

Pozn. z používání / k manuálu

  • officálně neumí "social tagging", ale může mít attribut tag, ale tem může mít klidně víc slov ve kterých jde vyhledávat
  • při mazání poznámek (ne jen úpravě) je nejlepší ji smazat zároveň z Mindmapy i z PDF
  • použití citací - v manuálu je popsaný export do LaTeXu (včetně referencí), který ale v mé (aktuálně nejnovější) verzi není k dispozici, funkční je:
    • v .tex dokumentu vložit na konci bibliografii \bibliography{docear}{} \bibliographystyle{plain}
    • v textu citovat dle klíče v Docearu (JabRefu), např.: \cite{jmeno2000nazev} (lze výhodně použít v Docearu "References>Copy reference key(s) for LaTeX")
    • kompilovat 1x latex, 1x bibtex a 2x latex